Mikroorganizmaların vücutta çeşitli organlara yerleşerek hastalık yapması sonucu farklı belirtiler ortaya çıkar. Aynı enfeksiyon, kişiden kişiye farklı belirtiler gösterebilmektedir. Enfeksiyon belirtileri genellikle prodrom (başlangıç) belirtileri, spesifik (özel) belirtiler ve genel belirtiler olarak sınıflandırılabilir. Ayrıca, enfeksiyon hastalıklarının karakteristik özelliklerine bağlı olarak dolaşım, solunum, sindirim, endokrin ve deri sistemlerinde de belirtiler görülebilir.

Prodrom dönemi, kuluçka döneminin bitiminde başlayıp tipik klinik belirtilerin görülmesine kadar süren bir evredir. Bu dönemde genellikle non-spesifik belirtiler ortaya çıkar. Ancak, bazı hastalıklar doğrudan spesifik belirtilerle başlayabilir. Prodrom belirtileri genellikle halsizlik, hafif ateş, baş ağrısı ve genel kırgınlık gibi non-spesifik semptomları içerir.

Spesifik belirtiler, enfeksiyonun etken mikroorganizmasının yerleştiği sisteme özgü belirtilerdir. Bu belirtiler, hastalığın tanısının konulmasında önemli rol oynar. Örneğin, tüberkülozda kronik öksürük ve balgam çıkarma, hepatitte sarılık ve karaciğer büyümesi, pnömonide ise yüksek ateş ve göğüs ağrısı spesifik belirtiler arasında yer alır.

Birçok enfeksiyon hastalığında ortak olarak görülen genel belirtiler şunlardır:

Bunlar arasında en önemli genel belirti ateştir. Enfeksiyon hastalıklarının çoğunda ateş artar, bu durum patolojik bir süreçtir.

Vücut ısısının yüksek olmasına hipertermi denir. Mikroorganizmaların vücuda girmesi ve çoğalmasıyla birlikte, bu mikroorganizmaların cisimleri veya toksinleri ile vücut hücreleri arasındaki savaş sonucu ısı merkezi uyarılır. Bu uyarılma sonucu vücutta ısı üretimi artar ve ateş yükselir.

Ateşin yükselmesi ani olarak üşüme ve titreme ile başlayabilir. 24 saat içinde en yüksek düzeye çıkan ateş (örneğin: tifüs, lober pnömoni) veya hafif kırgınlık ve halsizlik gibi prodrom belirtilerle başlayıp yavaş yavaş yükselerek bir hafta sonra en yüksek düzeye ulaşan ateş (örneğin: tifo ateşi) görülebilir. Ateşin bol terlemeyle birdenbire 37 derecenin altına düşmesine kriz denir. Ateşin yavaş yavaş düşerek 5-10 gün içinde normal düzeye inmesine ise lizis denir.

Enfeksiyon hastalığının özelliğine göre çeşitli sistemlerde belirtiler görülebilir:

Enfeksiyon hastalıkları oluştuğunda deride ve mukozalarda döküntüler yani yerel değişiklikler görülebilir. Tek tip olan döküntülere monomorf (örneğin: tifüs ve kızamık), iki değişik şekilde olanlara dimorf (makül-papül), iki çeşitten fazla olanlara ise polimorf döküntüler denir.